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美日創(chuàng)建迄今最大DNA基因模型

2019年04月26日08:08  來源:科技日報
 
原標(biāo)題:美日創(chuàng)建迄今最大DNA基因模型

  科技日報北京4月25日電 (記者劉霞)據(jù)物理學(xué)家組織網(wǎng)近日報道,美國和日本科學(xué)家攜手,“征用”10億個原子,創(chuàng)造了迄今最大的DNA基因模擬。最新研究將幫助科學(xué)家更好地了解癌癥等疾病,開發(fā)相應(yīng)的治療方法。

  該研究負(fù)責(zé)人、美國洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室結(jié)構(gòu)生物學(xué)家科麗莎·三本松說:“在(原子)這一細(xì)節(jié)尺度上理解DNA非常重要,因?yàn)槲覀兿胍獪?zhǔn)確理解基因是如何打開和關(guān)閉的。在原子水平建模基因是完整解釋DNA如何擴(kuò)展和收縮(控制基因的打開和關(guān)閉)的第一步,知道這種情況如何發(fā)生可以揭開很多疾病的秘密。”

  DNA是所有活體生物的藍(lán)圖,擁有編碼人體結(jié)構(gòu)和活動的基因,以非常精確和有組織的方式簇?fù)碓谝黄稹iL長的、弦狀DNA分子纏繞在一個微小的分子線軸網(wǎng)絡(luò)內(nèi),這些線軸纏繞和解開的方式可以打開和關(guān)閉基因。當(dāng)DNA更緊湊時,基因就會被關(guān)閉;當(dāng)DNA擴(kuò)展時,基因就會被打開。目前,研究人員還不了解這種情況如何以及為何發(fā)生。

  雖然原子模型是解決這個問題的關(guān)鍵,但在此尺度上模擬DNA并非易事,需要極強(qiáng)的計(jì)算能力。三本松等人在洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室的“三一”(Trinity)超級計(jì)算機(jī)上進(jìn)行了此次突破性模擬,該機(jī)在2018年全球超算500強(qiáng)上名列第六。來自該國家實(shí)驗(yàn)室、新墨西哥州聯(lián)盟、紐約大學(xué)和日本理化研究所(RIKEN)計(jì)算科學(xué)中心的研究人員,收集了大量不同類型的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),創(chuàng)建出這一全原子模型。

  該國家實(shí)驗(yàn)室的高分子物理學(xué)家安娜·拉帕拉說:“現(xiàn)在,我們能在‘三一’超級計(jì)算機(jī)的幫助下對整個基因進(jìn)行建模。將來,我們能夠利用下一代超級計(jì)算機(jī)——百億億次超級計(jì)算機(jī),對整個基因組進(jìn)行建模,從而更深入地了解基因如何開啟和關(guān)閉。”

(責(zé)編:許文金、陳建軍)
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